《指導意見》提出，污水處理是水污染防治的關鍵環節，是推動長江經濟帶生態優先、綠色發展的重要舉措。加快完善長江經濟帶污水處理收費機制，合理制定和調整收費標準，更好發揮價格杠桿作用，引導資源優化配置、實現生態環境成本內部化，倒逼生產方式轉型和生活方式轉變，助推高質量發展，形成共抓大保護的良好局面，不僅對長江水質保護具有重要意義，也對做好流域的系統協調治理和全國污水處理起到示范引領效應，更好地促進綠色發展和生態文明建設。
《指導意見》明確，一是嚴格開展污水處理成本監審調查，健全污水處理費調整機制。部署長江經濟帶省份全面開展污水處理成本監審調查工作，按照長江水污染防治目標要求，根據成本監審調查情況，以補償污水處理和運行成本為原則，在綜合考慮地方財力、社會承受能力基礎上，合理制定污水處理費標準，并健全污水處理費標準動態調整機制。二是推行差異化收費與付費機制。鼓勵探索分類分檔制定差別化收費標準，促進排污企業污水預處理和污染物減排。建立與處理水質、污染物削減量等服務內容掛鉤的污水處理服務費獎懲機制。三是降低污水處理企業負擔。對污水處理廠免收電價容（需）量費，污水處理廠可自愿選擇執行峰谷分時電價或平段電價，支持污水處理企業參與電力市場化交易。鼓勵污水處理企業綜合利用場地空間，采用“自發自用、余量上網”模式建設光伏發電項目。四是探索促進污水收集效率提升新方式。創新體制機制，鼓勵各地結合推進廠網一體化污水處理運營模式，開展收費模式改革試點，吸引社會資本進入，加快補齊污水收集管網短板，提高污水收集管網運行效率。
《指導意見》要求，發展改革、財政、住房城鄉建設、生態環境、水利等部門要加強銜接，形成工作合力；各級地方人民政府要切實履行好主體責任，完善污水處理收費機制有關政策，細化實化具體工作方案，確保任務落地；切實保障經濟困難群眾利益，加強改革宣傳引導。
